Keanekaragaman terumbu karang, teridentifikasi 396 jenis terumbu karang, 68 genus dan 15 famili baik berupa karang karang keras (hard coral) maupun karang lunak (soft coral) yang hidup dalam tiga jenis karang yaitu fringing reefs, barrier reefs dan atolsI. Lebih lanjut studi tersebut melaporkan bahwa setiap stasiun pengamatan ditemukan 124 jenis spesies yang menunjukan keragaman paling tinggi dan mengindikasikan Taman Nasional Kepulauan Wakatobi berada pada pusat keanekaragaman hayati. Sementara itu keanekaragaman ikan karang ditemukan 942 jenis ikan dari 54 famili dengan indeks keragaman ikan karang (Coral Fish Diversity Index, CFDI) bernilai 284. Angka 284 tersebut menempatkan Taman Nasional Kepulauan Wakatobi sebagai kawasan dengan keanekaragaman ikan karang tertinggi di dunia bersama-sama dengan Teluk Milne, Papua Nugini dan Taman Nasional Komodo, Indonesia. Daya tarik/kelebihan lain Taman Nasional Kepulauan Wakatobi adalah dengan ditetapkannya beberapa spesies yang ada di Taman Nasional KepulauanWakatobi sebagai spesies yang dilindungi oleh undang-undang maupun konvensi internasional. Spesies-spesies tersebut adalah ikan napoleon, penyu, akar bahar dan kima. Berdasarkan potensi-potensi yang ada seperti keanekaragaman hayati dan keunikan ekosistem taman nasional, Departemen Kelautan dan Perikanan melakukan skoring tentang keindahan beberapa taman nasional di dunia. Dari hasil skoring itu menempatkan Taman Nasional Kepulauan Wakatobi dan Taman Nasional Kepulauan Takabonerate sebagai yang terindah di dunia dengan nilai 35. Sedangkan taman nasional laut dunia lainnya seperti Laut Merah, Great Barier Reef dan Karibia hanya mendapatkan skor masing masing 31, 28 dan 25. Potensi dan daya tarik atraksi wisata alam yang dimiliki Taman Nasional Kepulauan Wakatobi telah mengundang investor untuk mengembangkan kegiatan pariwisata dan menarik para wisatawan untuk mengunjungi kawasan Wakatobi. Kegiatan pariwisata di Kawasan Taman Nasional Kepulauan Wakatobi mulai berjalan sejak tahun 1996. Perkembangan kegiatan pariwisata di Taman Nasional Kepulauan Wakatobi dihadapkan pada kondisi parwisata yang kurang berkembang. Hal ini dapat dilihat dengan sedikitnya kegiatan operator wisata dan merupakan operator asing, rendahnya keterlibatan masyarakat dalam kegiatan wisata dan masih tingginya ketergantungan masyarakat terhadap ekosistem kawasan yang dapat mengancam aspek konservasi kawasan, aksesibilitas ke kawasan yang masih rendah dan kurangnya sarana-prasarana kegiatan 3 wisata seperti jaringan listrik dan jaringan telekomunikasi di Kawasan Taman Nasional Kepulauan Wakatobi.
Usaha untuk mengembangkan kegiatan pariwisata dari kondisi yang kurang berkembang dihadapkan pada batasan-batasan kawasan sebagai kawasan konservasi. Batasan-batasan itu berupa batasan kegiatan yang dilakukan pada kawasan yang diatur berdasarkan sistem zonasi maupun batasan pengembangan kegiatan pada kawasan secara umum. Kawasan Taman Nasional Kepulauan Wakatobi dengan ekosistem utama terumbu karang sangat rentan dengan kegiatan-kegiatan yang ada, khususnya kegiatan pariwisata. Kegiatan pariwisata seperti berperahu, menyelam, sampah wisatawan atau bahan lainnya dapat berpengaruh pada keberlangusungan ekosistem terumbu karang. Hal ini didasarkan pada sifat karang yang sensitif terhadap kondisi luar seperti:
Aliran air tawar yang berlebihan yang dapat menurunkan nilai salinitas perairan
Beban sedimen dapat mengganggu biota yang mencari makan melalui proses
penyaringan (filter feeder)
Suhu ekstrim, yaitu suhu diluar batas suhu toleransi terumbu karang
Polusi seperti biosida dari aktivitas pertanian yang masuk ke perairan lokal
Kerusakan terumbu, seperti yang disebabkan oleh jangkar perahu
Beban nutrien yang berlebihan yang menyebabkan berkembangnya alga secara berlebihan sehingga dapat menutupi dan membunuh organisme koral.
Oleh karena itu pengembangan kegiatan pariwisata di Kawasan Taman Nasional Kepulauan Wakatobi harus tetap memperhatikan kelestarian dan keutuhan kawasan sebagai kawasan konservasi. Beberapa pelajaran berharga dari kasus kegiatan pariwisata1) yang memunculkan penurunan bahkan kerusakan lingkungan agar tidak terjadi dalam kegiatan pengembangan kegiatan wisata diTaman Nasional Kepulauan Wakatobi.
Berikut ini beberapa tipe ekosistem penyusun Taman Nasional Wakatobi :
1. Ekosistem Mangrove.
Kondisi ekosistem Mangrove bisa dikatakan tidak tersebar secara merata di wilayah pesisir, hanya beberapa wilayah saja dengan kondisi ketebalan mangrove yang tipis. Adapun jenis pohon bakau yang ditemukan di TNW tercatat 10 jenis, yaitu : Rhizophora stylosa, Sonneratia alba, Osbornia octodonta, Ceriops tagal, Xylocarpus moluccensis, Scyphiphora hydrophyllacea, Bruguiera gymnorrhiza , Avicennia marina dan Pemphis acidula, Avicennia officinalis , Rhizophora stylosa (Operation Wallacea, 2001). Beberapa jenis anggrek juga dapat ditemukan di vegetasi hutan bakau. Jenis biota yang berasosiasi dengan mangrove yang umum ditemukan adalah bivalvia (tiram), gastropoda dan crustacea. Kelimpahan organisme ini tergolong rendah.
2. Ekosistem Non-Mangrove
Vegetasi ekosistem non-mangrove di daerah pantai didiominasi oleh beberapa jenis seperti : Baringtonia asiatica, Hibiscus tilliaceus. Ipomoea pescaprae, Spinifax sp, Terminalia cattapa, Pandanus sp, dan Casuarina equisetifolia. Sementara itu vegetasi yang ditemukan yang ke arah darat disekitar perumahan/pekarangan antara lain: kelapa (Cocos nucifera), jambu mete (Anacardium ocidentale), mangga (Mangifera indica), nangka (Arthocarpus integra), ubi kayu (Manihot utilisima), uwi (Dioscorea spp.), jagung (Zea mays) dan waru serta ekosistem semak belukar dan rumput.
3. Ekosistem terumbu karang
Sampai saat ini di dalam ekosistem terumbukarang tercatat 396 jenis karang keras, 28 marga karang lunak dan 31 jenis karang jamur. Berikut ini identifikasi jenisnya:
a. Terumbu karang.. Jenis-jenis karang yang ditemukan antara lain Acrophora spp, Dendrophyllia spp., Favia abdita, Echinopora horrida, Favites spp, Heliofungia actiniformis, Holothuria edulis, Lobophylla spp., Montastrea spp., Mycedium spp., Millepora spp, Nepthea spp., Oulophylla crispa, Oxypora spp., Pavona clavus, P decussata, Platygira lamellina, P. pini, Porites spp., Porithes spp., Spirobranchus giganteus, Symphyllia spp, Turbinaria frondens, Xenia spp, dan lain-lain. Beberapa kawasan yang memiliki terumbu karang seperti disebut diatas yaitu Karang Sempora, K. Kapota, K Watulopa, K. Sawa Olo-Olo, K. Tokobau, dan Karang Waelale.
b. Karang lunak. Jenis soft corals yang terlihat antara lain Sarcophyto throcheliophorum, Sinularia spp.
c. Ikan. Kekayaan jenis ikan sebanyak 93 jenis ikan yang dimanfaatkan untuk konsumsi perdagangan dan ikan hias diantaranya argus bintik (Cephalopholus argus), napolean (Cheilinus undulatus), ikan merah (Lutjanus biguttatus) baronang (Siganus guttatus), Abudefduf leucogaster, A. saxatilis, Acanthurus achilles, A. aliosa, A. mata, Amphiprion tricinctus, Chaetodon specullum, Chelmon rostratus, Heniochus acuminatus, H. permutatus, Macolor macularis (snapper), Napoleon wrasse, Paramia quinquelineata, Scarus qibbus, S. taeniurus, dan masih banyak lagi. d. Bivalvia yang terlihat adalah Tridacna spp seperti kima (Tridacna sp.), kima tapak kuda (Hippopus hippopus), kima sisik (Tridacna squamosa), kima lubang (Tridacna crocea) dan kima raksasa (Tridacna gigas)
e. Crinoidea yang terlihat adalah Comanthina schlegeli, Lily laut.
f. Ordo Echinodea yang terlihat adalah Acanthaser planci, Diadema setosum Echinotrixspp., Holothuria edulis, Parathicopus californicus, Stichopus variegatus.
g. Spons yang terlihat adalah Tube sponges dan Cube sponges, Phyllospongia foliascens.
h. Rumput laut. Jenis seagrass yang terlihat antara lain Thallisia spp., T. crocea, dan Thalasodendron spp Jenis terumbu karang di kepulauan ini terdiri dari terumbukarang cincin (atol reef), terumbukarang tepi (fringing reef), terumbukarang penghalang (barrier reef) dan karang gosong ( patch reef). Berdasarkan hasil citra satelit, diketahui bahwa luas terumbu karang di Kepulauan Wakatobi adalah 88.161,69 hektar. Adapun komponen utama yang menyusun terumbu karang di Kepulauan Wakatobi yaitu karang hidup (terdiri dari hard coral dan soft coral) dan karang mati (dead coral), serta organisme lain yang bersimbiosis dengan karang. Pada kedalaman 1 meter dan 3 meter banyak ditemukan jenis karang bercabang dari marga Acropora selain itu juga ditemukan jenis karang masif.
Sementara di daerah tubir karang cukup bervariasi jenisnya seperti Acropora spp, Montipora spp, Porites spp, dan Stylophora pistillata. Lereng terumbu karang di Kepulauan Wakatobi mempunyai kemiringan antara 60-70o dengan pertumbuhan karang hidup yang tidak begitu rapat (patches) sampai kedalaman 40 meter dan karang yang tumbuh hanya didominasi oleh Acropora hyacinthus Echinopora mammiformis, Porites cylindrica dan beberapa Favia spp.
Pertumbuhan biota lainnya yang cukup menonjol adalah sponge dan soft coral (karang lunak) dari jenis Sinularia sp. dan Dendronephthya sp. Sponge mempunyai variasi ukuran, bentuk dan warna yang tinggi, umumnya tumbuh bergelantung dan menempel dinding sehingga memberi kesan yang sangat artistik. Dendronephthya sp. termasuk dalam golongan karang 6 lunak dengan pertumbuhan yang sangat khas serta kaya akan warna dari putih, ungu sampai merah jingga dan menambah kesan yang sangat menarik. Gorgonian dan anemon menambah kekayaan bentuk serta warna. Gorgonian banyak tumbuh dan mendominasi pada kedalaman lebih dari 30 meter dan makin ke dalam densitas pertumbuhannya semakin tinggi, hal tersebut sangat bagus sebagai lokasi wisata (diving).
4 . Ekosistem Padang Lamun.
Tercatat 9 jenis lamun di perairan Wakatobi dengan sebaran yang umumnya merata, tersebar pada daerah intertidal setelah terumbu karang dan juga ditemukan di antara terumbu karang. Jenis lamun yang telah diidentifikasi di perairan Kepulauan Wakatobi yaitu Enhalus acororides, Thalassia hemprichii, Halophila ovalis, Halodule pinifolia, Cymodocea rotundata, Syringodium isoetifolium, Thalassodenron ciliatum, Halodule uninervis, Cymodocea serullata. Jenis E. acoroides dan C. Rotundata banyak ditemukan pada substrat pasir dan pecahan karang, sedangkan jenis T. hemprichii, S. isoetiofolium dan H. ovalis banyak ditemukan pada substrat pasir halus dan pasir kasar. Padang lamun dimanfaatkan oleh masyarakat sekitarnya hanya sebagai daerah penangkapan beberapa jenis ikan, seperti ikan baronang (Siganus sp), lencam (Lethrinus sp), teripang, rajungan dan jenis kerang-kerangan. Metode penangkapannya dengan alat tangkap jaring insang, tombak/panah, bubu penangkap baronang (kulu-kulu) dan sebagian kecil menggunakan pancing. Selain itu juga masyarakat memanfaatkan rumput laut untuk dijual sebagai produk agar-agar.
KONDISI KEANEKARAGAMAN HAYATI
Beberapa spesies yang terdapat di Taman Nasional Wakatobi termasuk jenis langka dan terancam punah dengan status dilindungi seperti penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu hijau (Chelonia mydas), ikan Napoleon (Cheilinus undulatus), kepiting kenari(Birgus latro), kima (Tridacna sp.), lola (Trochus niloticus), duyung (Dungong dugong), lumba-lumba (Delphinus delphis, Stenella longiotris, Tursiops truncatus) dan cumi-cumi berbintik hitam. Sementara itu jenis burung laut yang terdapat di TN Wakatobi seperti angsa batu coklat (Sula leucogaster plotus), cerek melayu (Charadrius peronii), raja udang erasia (Alcedo anthis). Adapun dari family Cetaceans tercatat beberapa jenis yang tergolong terancam punah
(operation Wallacea, 2003) yaitu seperti paus sperma (physeter macrocephalus), Paus
pemandu sirip pendek (Globicephala macrorhyncus), paus pembunuh (Orcinus orca), Paus pembunuh kerdil (Feresa attenuata), lumba-lumba totol (Stenella attenuata), lumba-lumba gigi kasar (Steno bredenensis), lumba-lumba abu-abu (Grampus griseus), lumba-lumba hidung botol (Tursiops truncatus), dan paus kepala semangka (Peponocephala electra)
Keanekaragaman jenis ikan di Taman Nasional Kepulauan Wakatobi cukup tinggi, saat ini lebih dari 500 jenis ikan yang telah teridentifikasi terdapat di Taman Nasional Wakatobi dan masih banyak yang belum diidentifikasi. Umumnya berukuran kecil dengan karakteristik pewarnaan yang beragam sehingga dikenal dengan ikan hias. Kelompok ini umumnya ditemukan melimpah baik dalam jumlah individu maupun jenisnya serta cenderung bersifat teritorial. Banyak jenis ikan indikator dan ikan target bernilai ekonomis penting juga beberapa jenis ikan komersial yang selalu diburu seperti ikan napoleon (Cheillinus undulatus), ikan kerapu (Serranedae), ikan kakap (Lutjanidae), ikan ekor kuning (Caesionidae), ikan baronang (Siganidae), ikan bibir tebal (Haemulidae), dll (LIPI, 2006). Tingginya keanekaragaman ikan di Kepulauan Wakatobi terutama ikan-ikan karang menunjukkan bahwa keadaan karang di Wakatobi masih baik, beberapa penelitian menunjukkan bahwa banyak ditemukan tempat-tempat pemijahan ikan (breeding site) di daerah terumbu karang.
